Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows

Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows
Berikut ini merupakan daftar software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows. Dengan menggunakan software ini, kamu dapat melihat dan menganalisis data biologis seperti rangkaian DNA, RNA, dll. Data biologis yang kamu analisis berasal dari berbagai spesies seperti aptMan, Bos taurus, Gorilla, dll. Untuk menganalisis genom tertentu, kamu perlu menggunakan database yang didukung atau berikan file urutan. File urutan dapat berupa berbagai jenis seperti .mga, .txt, .pir, dll.

kamu dapat dengan mudah melihat urutan yang terdapat dalam file masukan pada antarmuka software ini untuk memahami dan menganalisis urutannya secara jelas dalam hal fungsi, struktur, evolusi , dll. Kebanyakan software menggunakan kode warna untuk menkamui urutan yang terdiri dari elemen yang sama. Selain itu, ada banyak tool pengamat dan penganalisa lain yang dapat kamu gunakan termasuk zoom in / out, tampilan struktur 3D, diagram Pohon, dll.

Jika kamu mempunyai pengetahuan yang cukup tentang urutan genetik, kamu juga dapat mengedit urutan dengan mudah menggunakan software bioinformatika ini. Dalam pengeditan urutan, kamu dapat mengubah karakter urutan, mengubah kode warna urutan, menambahkan anotasi, dll. Setelah modifikasi, kamu juga dapat memilih untuk menyimpan versi modifikasi urutan dalam format file TXT, XLX, GB, dll.

Berikut software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows:

MEGA

Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows

MEGA merupakan software bioinformatika gratis dan mudah dipakai untuk Windows. software ini terutama dipakai untuk menganalisa data urutan protein dan DNA dari spesies dan populasi. Selain itu, kamu juga dapat melakukan berbagai jenis analisis urutan seperti Interferensi Phylogeny, Model Selection, Dating and Clocks, Penyelarasan Urutan, dll. Plus, berbagai metode Statistik penting (metode jarak, metode kemungkinan maksimum, dll.) Dan Powerful visual tools untuk penjelajah data juga tersedia. Semua tool dan fitur yang mengesankan ini memungkinkan kamu menganalisis rangkaian masukan DNA dan Protein secara menyeluruh.

Dalam aplikasi gratis ini, kamu dapat memasukkan urutan DNA dan Protein sebagai file teks (.txt) atau sebagai file MEGA (.mga). Setelah mengirimkan file, kamu dapat melihat dan menganalisis data dengan menggunakan berbagai menu yang tersedia. Mari kita lihat sekilas bagaimana cara kerja menu ini.

TA DATA: Menggunakan menu ini, kamu dapat melihat urutan input dalam bentuk simbol seperti T, L, Q, R, dll. Setiap simbol mempunyai arti khusus dan untuk menyorot jenis simbol tertentu, kamu dapat menggunakan tool seperti C (menkamui situs conserved), V (menkamui situs variabel), dll.
Models: Ini merupakan menu yang sangat penting di mana kamu dapat menemukan model DNA / protein terbaik, mengestimasi matriks substitusi, menghitung komposisi asam amino, menghitung indeks ketimpangan pola, dan banyak lagi.
Distance: Digunakan untuk mengetahui urutan jarak berpasangan, jarak rata-rata keseluruhan, dll.
Phylogeny: Meskipun tab ini, kamu dapat mengonversi urutan masukan ke pohon kemungkinan maksimum, pohon penggabung tetangga, pohon evolusi minimum, dll.
User Tree: Ini dipakai untuk menganalisis data input menggunakan berbagai jenis User Tree seperti Least Squares dan Parsimony.

Terlepas dari fitur-fitur penting ini, kamu dapat menemukan beberapa menu tambahan lain untuk menyelesaikan berbagai tugas. Grafik dan laporan yang dihasilkan yang disediakan oleh software ini dapat disimpan sebagai format file Newick (.nwk).

Download MEGA dari situs resminya.

UGENE

Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows

UGENE merupakan software open source bioinformatika gratis untuk Windows. Dalam software ini, kamu dapat membuat, mengedit, menganotasi, dan menganalisis urutan asam dan protein nukleat. Plus, software ini dilengkapi dengan dukungan bawaan untuk berbagai basis data seperti NCBI, PDB, ENSEMBL, dll., Dalam software ini, kamu juga dapat menemukan banyak tool analisis seperti analisis data Sanger, analisis data NGS, BLAST, penyelarasan urutan gkamu, Kloning, tool HMMER, dll. Sebagian besar tool analisis ini bekerja dengan rangkaian lokal maupun dengan basis data urutan yang dapat kamu unduh menggunakan URL.

Cara menganalisis urutan asam nukleat dan protein menggunakan software ini:

  • Tambahkan file urutan (ACE, BAM, GFF, GTF, MMDB, SAM, Raw sequence, NEXUS, dll.) Dengan menggunakan menu File. Urutan hadir dalam file secara otomatis akan terbuka pada antarmuka utama.
  • Dalam urutan yang tersedia, kamu dapat melihat bahwa software ini secara otomatis menarik simbol serupa dari spesies yang berbeda dalam warna yang sama. Skema warna ini sangat berguna untuk mengidentifikasi simbol atau kode dari berbagai spesies yang sama. Skema warna ini juga dapat diubah dengan mengubah jenis warna ke Clustal X, Helix Propensity, Strand Propensity, dll.
  • kamu juga bisa menggunakan berbagai tool yang tersedia seperti Zoom in / out, penyelarasan, statistik, dll. Untuk menganalisis urutannya.

Setelah analisis, kamu dapat mengekspor data urutan dalam format PNG, BMP, JPG, TIFF, dan SVG. UGENE merupakan software bioinformatika yang cukup bagus untuk Windows dengan antarmuka yang sederhana.

Download UGENE dari situs resminya.

Jalview

Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows

Jalview merupakan software bioinformatika gratis lainnya untuk Windows. Dengan menggunakan software ini, kamu dapat melihat dan mengedit perataan urutan, menganalisis urutan dengan principal component analysis (PCA) plot dengan phylogenetic trees, dan mengeksplorasi struktur molekul dan anotasi. software ini juga dilengkapi dengan DNA bawaan, RNA, urutan protein, dan visualisasi struktur dan kemampuan analisis. Plus, beberapa tool yang berguna seperti Jmol untuk melihat struktur 3D, VARNA untuk menampilkan struktur sekunder RNA, dll juga tersedia.

Dalam software ini, kamu dapat menambahkan urutan dengan langsung menulisnya, dengan menambahkan URL file urutan, atau dengan mengirimkan file urutan format yang didukung (PFAM, PIR, JSON, BLC, dll.). Segera setelah kamu memasukkan urutan, software ini secara otomatis akan membuka tampilan struktur pohon, tampilan struktur 3D, dan beberapa jendela pelurusan urutan untuk melihat, menyelaraskan, dan menganalisis urutan. Dalam software bioinformatika ini, kamu juga dapat memperhatikan bahwa setiap perubahan dalam penyejajaran berurutan secara langsung memengaruhi struktur 3D secara real time untuk membantu kamu menganalisis urutannya dengan cepat.

Rekomendasi software gratis untuk kamu:

Terlepas dari tool analisis utama, kamu dapat menemukan banyak tool berguna lainnya dalam software ini seperti warna (untuk mengubah pola warna urutan secara manual), Anotasi (untuk menampilkan atau menyembunyikan berbagai penjelasan urutan yang bermanfaat), Hitung (untuk menghitung perataan berpasangan, penghitungan otomatis konsensus, menunjukkan wilayah mengapit, dll.), dan banyak lagi.

Download JALVIEW dari situs resminya.

Secara keseluruhan, ketiga fitur software  yang kami sebutkan diatas membantu kamu dengan mudah menganalisis dan mempelajari berbagai sekuens bioinformatika dari beberapa spesies dengan mudah.